剧情：
继续延续上一季的 剧情，原来穆德受了骗 ，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一 个普通FBI特别探员不该进入的地方 ”搜集需 要的资料。本季 发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混 血外星人联合 起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除 ，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。 今年制作小组甚至找了两 位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有 一集喜剧。整出X档 案为了配合电影的上映，加 入了一些角色及内 容，“辛迪加 ”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德 与史考莉间的关系做出 重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。 宁知意点头，“他现在每次来，都是从这里进。”说到这里，她想到 什么，现场给她复制 了一枚玉简，“陆望老祖参与了仙上楼三百 六十八家的禁制改 造，他在各店都弄了一个随机传送阵，你记住各店传送 阵的位置，以后出门遇到危 险，寻就近的仙上楼，百里内随 时可定位传送。”
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